Vật linh giáo xưa kia phổ biến khắp Đông Nam Á. Từ đầu công nguyên, Phật giáo và Bàlamôn giáo bắt đầu ảnh hưởng tới khu vực này, dẫn đến xuất hiện các nền văn minh phát triển rực rỡ trong khoảng thế kỷ 7-12, để lại những công trình kiến trúc tôn giáo nổi tiếng như Angkor ở Campuchia, Borobudur và Prambanan ở Indonesia, Bagan ở Myanmar...
Từ khoảng thế kỷ 13, Hồi giáo đến Đông Nam Á cùng các thương nhân Trung Đông. Thế kỷ 15, các linh mục châu Âu bắt đầu truyền bá Công giáo ở đây.
Ngày nay, Phật giáo Mahayana chiếm ưu thế ở Singapore, Phật giáo Theravada phổ biến ở Thái Lan, Lào, Campuchia, Myanmar; đạo Hồi chiếm ưu thế ở Indonesia, là quốc giáo của Brunei và Malaysia; Công giáo phổ biến ở Philippines; còn Hindu giáo tập trung ở đảo Bali, Indonesia.
Cả 4 tôn giáo phát triển chủ yếu ở đồng bằng và ven biển, còn cư dân ở vùng hẻo lánh và rừng núi vẫn tiếp tục sống với tín ngưỡng cổ truyền của mình. Mỗi tôn giáo du nhập Đông Nam Á đều có sự hòa trộn nhiều yếu tố tín ngưỡng và văn hóa bản địa.