Ở Đông Nam Á vẫn phổ biến tôn giáo bản địa dựa trên tín ngưỡng vạn vật hữu linh. Các tộc người khác nhau đều có những nghi lễ cầu cúng các vị thần tự nhiên, động vật và cây cối.
Bên cạnh đó, saman giáo và hoạt động đồng bóng dựa trên niềm tin vào việc giao tiếp với thần linh, đặc biệt vì mục đích chữa bệnh. Thầy đồng được thần linh nhập vào để giao tiếp với cộng đồng; còn thầy saman hành trình sang thế giới khác để giao tiếp với thần linh rồi kể lại "chuyến đi" đó.
Tôn giáo bản địa Đông Nam Á tiếp thu nhiều yếu tố của các tôn giáo khác, như ảnh hưởng của đạo Phật ở Thái Lan hay đạo Hồi ở Malaysia.