Đạo Hồi du nhập Đông Nam Á từ thế kỷ 13 cùng với các thương nhân đến từ Arập, Ấn Độ và Trung Quốc. Đây là tôn giáo chính ở Indonesia, là quốc giáo của Malaysia và Brunei, với phần đông tín đồ theo giáo phái Sunni. Với trên 200 triệu người, Indonesia là quốc gia có dân số theo Hồi giáo đông nhất thế giới.
Sự thắng thế của đạo Hồi đối với đạo Hindu ucos từ trước là bởi đạo Hồi xóa bỏ rào cản đẳng cấp và sự phân biệt tộc người trong xã hội. Hồi giáo tiếp thu một số tập tục của cư dân bản địa cũng như một số yếu tố của đạo Hindu và đạo Phật, thể hiện trong cưới xin, tang ma và nhiều nghi lễ khác.